屋頂花園建成后的養護，主要是指花園主體景物的各類地被、花卉和樹木的養護管理。當然，還有屋頂上的水電設施和屋頂防水、排水等的管理工作。這項工作一般應有園林綠化種植管理經驗的專職人員來承擔。
在日常使用過程中，管理人員應注意不得任意在屋頂花園中增設超出原設計范圍的大型景物，以免造成屋頂超載。在更改原暗裝水電設備和系統時應特別注意不得破壞原屋頂防水層和構造處理。更不得改變屋頂的排水系統和坡向，并應保持屋頂園路及環境的清潔，防止枝葉等雜物堵塞排水通道及下水口，造成屋面積水，最后導致漏水。
至于家庭屋頂花園則由于面積一般都不大，只有幾至幾十平方米。這種小型的屋頂花園，一般都由自己養護，其養護的內容要比其他綠化養護要復雜些，但比專職人員養護的內容卻又簡單；主要是澆水施肥、病蟲害的防治、季節植物的更換、松土除草等。其他的參照上面專職人員養護的內容。涉及專業養護的內容最好請專職人員幫忙。
